万州中学历来高度重视国家安全工作。学校根据“党政同责、一岗双责、齐抓共管，人人有责”的原则，成立以主要领导为组长，相关副校长为副组长，各科室负责人、班主任为组员的国家安全工作小组，组织领导学校国家安全工作。
一、重宣传
1. 大力抓《国家安全法》的宣传。学校通过法制副校长讲课、广播、主题班会、黑板报等形式，大力开展《国家安全法》和《国家安全法实施细则》的宣传教育活动，进一步增强广大师生的法律意识和维护国家安全意识，推动国家安全人民防线建设工作。
2. 高度重视爱国主义教育和国防教育。学校将培养学生的爱国主义、家国情怀摆在特别突出的位置。2019年秋季开学典礼上，陈联国校长充满爱国情怀的开学致辞刷爆朋友圈，被中国教育在线等媒体转载。学校每年九月都会组织七年级、高一年级新生开展为期一周的军训，强化学生的国防意识。同时，我校的飞行员培养闻名全国，为国家的空天安全作出了贡献。
3. 每年4.15国家安全日，学校积极配合区人武部、区教委开展主题教育，增强师生的国家安全观念和意识，增强师生的防间谍、防泄密、防渗透的意识和能力。
二、抓预防
1. 加强意识形态领域防范工作。学校党委、行政通过党政联席会、教职工大会等会议强调意识形态领域安全。每年开学与教师签订《安全责任书》，并在其中制定国家安全工作相关条款。
2. 强化网络安全工作。学校制定网络安全和网上舆情防范工作措施。加强对各处室工作人员和班主任等的网络安全保密教育工作，确保网络防范落到实处。不断提高网上信息搜集研判能力。特别是注意防范境内外敌对势力、国际恐怖势力、“法轮功”、“门徒会”、“青龙帮”等邪教势力、宗教极端势力、国际恐怖势力及各种反华反共的非政府组织通过网络对学生进行的各种腐蚀、教唆活动。
3. 努力做好信息的搜集工作。学校每年配合公安机关对外聘人员进行政审，确保每一位外聘人员政治合格，遵纪守法。同时主动与公安机关联系，对所有外来租户进行排查，确保无违法犯罪记录。
4. 做好信息研判。学校高度关注境内外各种敌对势力、宗教组织、“慈善”机构、有复杂背景的境外非政府组织以捐资助学、公务考察等名义，对师生进行的渗透、策反、窃密、颠覆、破坏等活动，严防境外组织借“维权”为名插手和炒作群体性事件。
三、有成效
通过努力，多年来万州中学做到危害国家安全事件零发生，有力保障了校园的安全与稳定，为广大师生员工提供了良好的科研、学习、生活环境，得到了上级部门和社会各界的一致好评。2018年，学校荣获“安全优秀示范学校”“万州区安全岗位示范点”等称号。